Sur les quelques 12 000 exploitations agricoles régionales, seule la moitié sont des exploitations professionnelles, qui sont à l’origine de 90% de la richesse créée par l’agriculture alsacienne. Le poids économique des exploitations non professionnelles reste faible mais elles jouent un rôle important de valorisation des 16% de surface agricole utile qu’elles occupent.
A l’image de la France métropolitaine, l’Alsace voit le nombre de ses exploitations agricoles diminuer et leur taille augmenter : 1 exploitation sur 5 a disparu entre 2000 et 2010. 10% des exploitations font plus de 100 hectares et valorisent plus d’un tiers de la SAU. La taille moyenne des exploitations a progressé passant de 22 à 28 ha en dix ans soit seulement la
moitié de la SAU moyenne française. La viticulture qui constitue l’orientation dominante d’un tiers des exploitations, explique en grande partie cet écart car la vigne est généralement cultivée sur de petites surfaces. La pression foncière élevée en est également un facteur et explique la présence de nombreuses productions à haute valeur ajoutée - houblon, tabac, chou à choucroute, betterave - seules à même d'être rentable dans ces conditions (source Document régional de développement rural). Le rythme de cessation et de concentration des exploitations a toutefois diminué ces dix dernières années.
L'agriculture est mise en cause pour ses impacts sur l'environnement : pollutions diffuses, atteintes à la biodiversité... A l’inverse, les terres agricoles subissent la pression de l’extension urbaine.
Plusieurs plans, à l’échelle nationale, visent à mieux intégrer la protection de l’environnement dans les pratiques agricoles : plan "Agriculture biologique horizon 2012", plan végétal environnement, plan "performance énergétique des exploitations agricoles" ou bien encore plan "Ecophyto 2018".
Ils sont complétés par les mesures agroenvironnementales, destinées à promouvoir des pratiques agricoles innovantes et respectueuses de l’environnement. Au total, plus de 31 000 hectares étaient sous contrat agroenvironnementaux fin 2010 en Alsace (source DRAAF), pour des mesures destinées à reconquérir le bon état des eaux, préserver et restaurer des habitats naturels notamment dans les sites Natura 2000, aider à la conversion en agricultue biologique ou bien mettre en place de cultures favorables au hamster commun.
Par ailleurs, la part de l’agriculture biologique croit : elle atteint 4 % de la SAU alsacienne en 2009, pour 2,5% en France (source Agence bio).