Hors refroidissement de la centrale de Fessenheim, l’usage principal de l'eau prélévée dans les nappes et les rivières est l'industrie (brasserie, agro-alimentaire, chimie...) pour près des deux-tiers des prélèvements. Viennent ensuite la production d'eau potable et l'irrigation, pour lesquels ce sont très majoritairement les eaux souterraines qui sont sollicitées. Les prélèvements globaux sont stables dans le temps aux alentours de 800 millions de mètres cubes par an. Ils sont en baisse pour l'industrie (amélioration des process et du recyclage mais aussi probablement fermeture de certaines entreprises) et l'alimentation en eau potable (amélioration des réseaux et réduction des fuites). Ceux pour l'irrigation sont en revanche en augmentation (un suivi plus juste des prélèvements lié à l'entrée en vigueur de la nouvelle redevance explique pour partie cette augmentation à partir de 2008).
Des prélèvement d’eau à des fins domestiques, industrielles ou agricoles impactent la qualité et la continuité de certains cours d’eau du Haut-Rhin. Le débit des cours d’eau court-circuités baisse de façon significative. La ressource peut difficilement y être sollicitée davantage. Les principaux bassins versants concernés sont les suivants : Giessen-Liepvrette, Lauch et Fecht. Il convient également de rappeler que de nombreux aménagements sur les cours d'eau (bassins d'irrigation, de pisciculture...) forment des obstacles à la continuité écologique et à la migration des poissons.
Ces dernières années, des progrès ont été observés sur le traitement de pollutions comme le phosphore, alors même que les phosphates continuent à entrer dans la composition des détergents textiles à usage industriel (ils seront interdits à compter de fin 2012). Cette réduction est plus importante dans le bassin Rhin-Meuse qu'en moyenne sur l’ensemble de la France. Pour les autres polluants, tels que l'azote, les matières organiques ou les matières en suspension, les rejets ont également tendance à être progressivement réduits ou stabilisés. En dehors de l'usine de potasse de Thann qui en est un des principaux émetteurs, une vingtaine d'établissements déclarent leurs rejets de mercure, pour l'essentiel des activités liées au traitement des déchets. Au delà des actions mises en place par les industriels, la diminution du nombre d'industries polluantes peut également expliquer la réduction de certains rejets polluants.
Alors même que la pollution collectée jusqu'aux stations est stable voire en augmentation (avec le développement des réseaux de collecte des eaux usées), la charge polluante des rejets des stations d’épuration urbaines (notamment DBO5, azote, phosphore) a été divisée par deux voire trois en dix ans grâce à l'amélioration du rendement des stations d'épuration. En Alsace, toutes les grosses collectivités et la plupart des petites collectivités sont aujourd'hui équipées d’un système d’assainissement.
La pollution déversée par temps de pluie (via les déversoirs d’orages ou rejets d’eaux pluviales) a un impact significatif sur les ressources en eau. Le caractère fortement artificialisé du territoire alsacien (habitat, commerce, industries, infrastructures de transport) constitue un facteur aggravant.
L’Alsace est le secteur du bassin Rhin-Meuse qui présente la plus forte exposition des eaux souterraines aux pressions par les nitrates et les pesticides (voir Les eaux souterraines, une ressource vulnérable mais dégradée et Une amélioration ne permettant pas encore l'atteinte du "bon état" pour les cours d'eau).
A côté des usages agricoles, les pesticides, et en particulier les herbicides, sont aussi utilisés en quantité importante pour l’entretien des infrastructures urbaines et de transport, des espaces verts et de loisirs, mais également pour le jardinage amateur. Même avec des quantités largement inférieures à celles utilisées en agriculture (de l'ordre de 10% en zone non agricole pour 90% en agriculture), ces usages peuvent avoir un impact local important sur certaines ressources en eau.
La géothermie consiste à exploiter les calories du sol, du sous-sol ou de la nappe. Les caractéristiques de l’installation (profondeur, température, débit, en circuit ouvert ou en circuit fermé) sont fonction du site, des besoins et de la technique utilisée (sonde ou forage). Les risques associés (mise en communication de plusieurs nappes, pollution liée au forage, pollution liée à une fuite du fluide caloporteur, modification de la piézométrie et de la température de la nappe) sont multiples et dépendent de la qualité de l’installation. Les principaux secteurs concernés se situent au droit des zones urbanisées (habitat, industrie ou commerce).